BacDive (The Bacterial Diversity Database) es la base de datos más grande a nivel mundial para obtener información estandarizada sobre cepas de bacterias y arqueas. Este recurso exhaustivo proporciona datos diversos que abarcan desde la taxonomía y la morfología hasta la fisiología, el muestreo y la información de secuencias.
Contenido de la Base de Datos
Lanzada inicialmente en abril de 2012, BacDive nació con el objetivo de estandarizar y hacer públicos los datos de cepas provenientes de colecciones de cultivos, compendios y publicaciones. En su primera versión, contaba con 89,758 entradas para 18,157 cepas.
Para diciembre de 2024, la base de datos ha crecido significativamente, albergando más de 1,000 campos de datos diferentes. Actualmente, comprende 2,709,516 entradas para 99,392 cepas, incluyendo 21,168 cepas tipo. Cada entrada está vinculada a una referencia bibliográfica, asegurando la trazabilidad de la información.
Categorías de Información
Los datos de cada cepa se organizan en las siguientes categorías:
- Nombre y clasificación taxonómica: Identificación precisa de la especie y el organismo.
- Morfología: Características físicas y estructurales.
- Condiciones de cultivo y crecimiento: Requerimientos específicos para el laboratorio.
- Fisiología y metabolismo: Capacidades bioquímicas y funcionales.
- Aislamiento, muestreo e información ambiental: Datos sobre el origen y el entorno del organismo.
- Información de seguridad: Datos críticos sobre la peligrosidad del microorganismo.
- Información de secuencias: Enlaces a datos genómicos.
Además, desde 2023, BacDive ha incorporado una sección de "Predicciones basadas en el genoma", que ofrece datos de alta calidad predichos mediante modelos de aprendizaje automático (machine learning) entrenados con los datos curados de la propia base de datos.
Acceso a los Datos
BacDive ofrece tres vías principales para acceder a su vasta cantidad de información:
- Interfaz Gráfica de Usuario (GUI): Permite búsquedas sencillas con autocompletado por nombre, número de colección, ID de Taxonomía de NCBI o número de acceso de secuencia de INSDC. También dispone de una búsqueda avanzada que permite filtrar en 130 campos de datos.
- Servicio Web RESTful: Ideal para el acceso automatizado a los datos (requiere registro gratuito). Para facilitar su uso, existen clientes de software disponibles en los lenguajes Python y R.
- Endpoint SPARQL: Para consultas complejas de datos vinculados.
Integración y Ecosistema de Datos
BacDive es alojado por el Leibniz Institute DSMZ (Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GmbH) y forma parte de la infraestructura de Diversidad Digital del DSMZ. Asimismo, es miembro de de.NBI (la Red Alemana de Infraestructura de Bioinformática) y de ELIXIR.
Debido a su importancia, la Global Biodata Coalition la designó como un Recurso de Biodatos Globales Core (GCBR) en 2022 y ELIXIR la nombró Recurso de Datos Core en 2023.
Bases de Datos Relacionadas
Para datos que exceden el enfoque de BacDive, el sistema proporciona enlaces a otros recursos:
| Infraestructura DSMZ Digital Diversity | Bases de Datos Externas |
|---|---|
| BRENDA | EBI |
| Lista de nombres procariotas con estatus taxonómico | ChEBI |
| MediaDive | SILVA |
| Straininfo | NCBI |
| PhageDive | MicrobeAtlas |