La base de datos SILVA es un recurso fundamental para la comunidad científica, establecida a través de una colaboración internacional entre el Grupo de Genómica Microbial del Instituto Max Planck para Microbiología Marina en Bremen, Alemania, el Departamento de Microbiología de la Universidad Técnica de Múnich y Ribocon.
Características Principales
SILVA se especializa en el almacenamiento y curación de secuencias de ARN ribosomal (rRNA), que son esenciales para la identificación taxonómica y los estudios filogenéticos de microorganismos. Esta base de datos proporciona un marco robusto para el análisis de comunidades microbiales.
Capacidad y Contenido
En su versión 117 (enero de 2014), la base de datos contaba con más de 4,000,000 de secuencias de la subunidad pequeña (SSU - 16S/18S) y 400,000 secuencias de la subunidad grande (LSU - 23S/28S). Estas secuencias están optimizadas para ser utilizadas dentro del entorno de software ARB, facilitando así la la construcción de redes filogenéticas y el análisis de datos genómicos.
Importancia en la Microbiología Moderna
El uso de SILVA permite a los investigadores analizar la diversidad microbial mediante el secuenciamiento de genes marcadores, lo que es posible gracias a la curación manual y automática de las secuencias depositadas, asegurando que la la taxonomía owne sea coherente y a la vez actualizada.