La reorganización de las diócesis ocupadas durante la Segunda Guerra Mundial representó un desafío diplomático y moral significativo para el Papa Pío XII. El núcleo del conflicto radicaba en si el Vaticano debía extender la autoridad apostólica de los obispos de la Alemania nazi y la Italia fascista hacia los territorios europeos ocupados por estas potencias.

Conflictos Diplomáticos y la Postura del Vaticano
A pesar de que el Santo See a menudo rechazó tales reorganizaciones, la decisión de Pío XII de nombrar administradores apostólicos alemanes en la Polonia ocupada es considerada una de sus decisiones más controvertidas. Esta acción fue utilizada posteriormente por el Gobierno Provisional Polaco, respaldado por la Unión Soviética, para anular el Concordato de 1925 en 1945, lo que provocó una ruptura prolongada en las relaciones entre Polonia y la Santa Sede, resultando en la ausencia de un Nuncio Apostólico en Polonia entre 1947 y 1989.
Demandas del Tercer Reich
El 29 de agosto de 1941, el embajador del Reich ante la Santa Sede, Diego von Bergen, exigió que todos los nombramientos eclesiásticos en regiones anexionadas u ocupadas fueran comunicados previamente a Berlín. Esta demanda incluía territorios como Alsacia, Lorena, Luxemburgo, Baja Estiria, Carintia y Carniola. El Vaticano rechazó explícitamente esta exigencia el 18 de enero, defendiendo su libertad y el derecho de nombrar obispos sin coerción gubernamental.
Impacto Regional en Europa
Albania
Tras la invasión italiana de 1939, la Iglesia Católica en Albania experimentó una posición de favor e influencia, aunque algunos historiadores sugieren que fue utilizada por el régimen fascista para expandir la cultura italiana, llegando a ocupar figuras católicas cargos gubernamentales como la regencia y la primicia ministerial.
Bélgica
En Bélgica, las deanerías de Eupen, Malmedy y Moresnet (pertenecientes a la Diócesis de Lieja pero anexionadas a Alemania) fueron subordinadas a un Administrador Apostólico, primero Hermann Joseph Sträter y posteriormente Johannes Joseph van der Velden.
Checoslovaquia
En la parte occidental de Checoslovaquia, la situación fue compleja. En el Protectorado de Bohemia y Moravia, el Vaticano mantuvo la appointment de A. Eltschkner como obispo de Budejovice a pesar de las presiones alemanas para nombrar a alguien de etnia alemana. En la región de Trans-Olza, la Santa Sede ajustó la administración apostólica varias veces para adaptarse a los cambios territoriales y las presiones políticas entre Polonia y Alemania.
Estonia y Francia
En Estonia, la deportación soviética de 1941 afectó gravemente al clero, incluyendo al administrador apostólico Eduard Profittlich. La posterior ocupación nazi impidió que la jerarquía católica se reconstituyera plenamente. En Francia, obispos como Charles Ruch de Estrasburgo y Joseph-Jean Heintz de Metz fueron expulsados por los ocupantes nazis tras la anexión de sus territorios.

