El Área de la Bahía de San Francisco cuenta con una infraestructura de transporte multimodal compleja que integra carreteras, puentes, autopistas, ferrocarriles, túneles, aeropuertos, puertos marítimos y rutas para bicicletas y peatones. La gestión de este sistema es coordinada por diversas agencias como Caltrans, la Asociación de Gobiernos del Área de la Bahía, la Agencia de Transporte Municipal de San Francisco y la Comisión de Transporte Metropolitano.

Transporte Público y Ferroviario
El Área de la Bahía, y especialmente San Francisco, es reconocida como una de las zonas metropolitanas con el mejor transporte público de Estados Unidos. Para los trayectos locales, los servicios de autobús son fundamentales, con agencias como SamTrans y County Connection operando en diferentes condados.
Para los viajes de larga distancia o transbahía, el sistema ferroviario es predominante. El Bay Area Rapid Transit (BART) es el único sistema de tránsito rápido y el principal proveedor de transporte regional entre San Francisco, el norte del condado de San Mateo y gran parte del East Bay. Además, existen servicios de trenes de cercanías como SMART en los condados de Sonoma y Marin, Caltrain en la península de San Francisco, y ACE entre San José y Stockton.
San Francisco es además el hogar del último sistema de tranvías de cable (cable cars) operados manualmente en el mundo, mientras que Muni y VTA operan redes de trenes ligeros para complementar sus servicios de autobús. La mayoría de estos servicios se pueden pagar mediante la tarjeta Clipper.
Red de Carreteras y Puentes
Aunque no es tan extensa como la de el sur de California, la región posee una red de autopistas robusta. Cuatro puentes cruzan la Bahía de San Francisco y otros cuatro cruzan la Bahía de San Pablo. Rutas importantes incluyen la US 101 y la Interestatal 280 en la península, así como las Interestatales 680, 880 y 505.
Muchas de estas autopistas cuentan con carriles expresos con peaje, gestionados a través de FasTrak. Históricamente, San Francisco ha mantenido una postura crítica hacia la construcción de autopistas urbanas, destacando la demolición de la autopista Embarcadero en 1991, lo que convirtió a la ciudad en un referente de las revueltas contra las autopistas en Estados Unidos.
Aeropuertos de la Región

La región cuenta con cuatro aeropuertos comerciales principales, tres de los cuales son internacionales:
- Aeropuerto Internacional de San Francisco (SFO): El más transitado de la región y un centro neurálgico para Alaska Airlines y United Airlines, siendo la principal puerta de entrada transpacífica.
- Aeropuerto Internacional de San José (SJC): El segundo más transitado y el de más rápido crecimiento, sirviendo como ciudad foco para Alaska Airlines.
- Aeropuerto Internacional de Oakland (OAK): El tercero en tráfico y base operativa de Southwest Airlines. Es el aeropuerto civil más antiguo de la región.
- Aeropuerto del Condado de Sonoma (STS): El más pequeño de los aeropuertos con servicios comerciales.
Conexiones de Transporte Aeroportuario
Todos los aeropuertos principales están ubicados cerca de autopistas y cuentan con acceso a transporte público, servicios de transporte compartido y shuttles privados.
- SFO: Acceso directo vía BART en la Terminal Internacional y conexión con Caltrain en la estación Millbrae. Cuenta además con el AirTrain inter-terminal.
- SJC: Conectado por la ruta 60 de VTA, que enlaza con BART, Caltrain y trenes ligeros en el Centro de Tránsito de Santa Clara.
- OAK: Conectado a BART mediante el Oakland Airport Connector.
- STS: Conexión directa con el tren de cercanías SMART en la estación del Aeropuerto del Condado de Sonoma.


